Погрузившись в криогенный сон, герои Матрицы прошли полную перезагрузку, в результате которой удалилась вся прошлая информация. Теперь мозг Нео и Тринити чист как белый лист бумаги. Очнувшись после длительного сна, Томас живет в далеком будущем, в Сан-Франциско, где продолжает свою работу над созданием компьютерных игр. Его постоянно одолевают странные предчувствия — его сны, словно фрагменты из прошлой жизни, кажутся более реалистичными, нежели окружающая жизнь. С визитом приятеля Морфеус все становится на свои места. Остается сделать предопределяющий выбор, выпить красную или синюю таблетку, и тогда герой долго будет пребывать в Матрице. Нео и Тринити пытаются изменить законы физики, тем самым меняя силу притяжения. Нео удается собственными силами одолевать врагов, отражать атаку, и разбивать огромные армии противников.
