Томас Андерсон днём является простым программистом, а вот как только приходит ночь, то примеряет на себя роль хакера Нео. Как-то парню пришло довольно-таки необычное послание: «ты погряз в матрице». Далее незнакомый отправитель указывает «направляться за белым кроликом». Тут кто-то постучал в дверь — заявились заказчики. Они достойно заплатили Нео, а после пригласили в увеселительное заведение, где можно хорошенько расслабиться и отдохнуть. Изначально Томас ответил отказом, но когда увидел девушку с тату в виде кролика, то, моментально, изменил своё решение. Так он познакомился с Тринити — девушкой-хакером. Она обещает, что раскроет все секреты, связанные с матрицей, но изначально необходимо встретиться с Морфеусом. Эта личность по мнению правительства опасна. У Нео нет времени, чтобы думать, им начинают интересоваться так называемые «агенты», именно они «охраняют» Матрицу. Парня арестовали на рабочем месте, затем допросили и предложили сотрудничать. Нео отказался, но сотрудники вживили ему жучка. После он проснулся у себя дома от звонка Морфеуса. По пути к нему Тринити достаёт из Нео жучка, и он начинает понимать, что всё происходящее недавно было реальностью, а не сном. Морфеус советует Андерсону взглянуть на Матрицу и даёт две таблетки. Если принять синюю, то Нео проснётся дома в своей кровати и будет думать, что всё это снилось. Если же выбрать красную, то можно будет узнать всё о Матрице, понять, что это всё значит. Главный герой решается на красную таблетку. Впоследствии он оказывается в мире, где всё так жутко и разрушено, но, несмотря на весь кошмар, данный мир является настоящим. То, что казалось ранее обыденностью, будет иллюзией, порождением искусственного интеллекта супер компьютера. Планета находится в вечном мраке, города постепенно превращаются в руины.
